据了解，《办法》初步规定：建设用地城镇土地使用税提高两倍，新增建设用地有偿使用费和耕地占用税各提高一倍；土地出让金总额的15%必须用于农地复垦和土地整理开发。同时，土地出让金将全额纳入地方财政预算，实行“收支两条线”，并接受地方人大的监督。
终结“卖地生财”模式
按照国务院的要求，今后土地出让金必须足额安排支付征地补偿安置费用、拆迁补偿费用，补助被征地农民社会保障所需资金的不足，结余资金应逐步提高用于农业土地开发和农村基础设施建设的比重，以及廉租住房建设和完善国有土地使用功能的配套设施建设。
值得注意的是，以上三项税费，耕地占用税及城镇土地使用税直接针对开发商，而新增建设用地土地有偿使用费则针对地方政府。
“《办法》是从提高用地成本，从节约用地角度考虑加强土地节约利用。”国家发改委土地区域研究所副所长肖金成认为，15%必须用于农地复垦的意义在于，中央开始重视用经济手段保护农地。土地出让金管理的这些变化是土地出让金管理向市场化转变的重要一步，是政府由过去以行政命令为主，向经济手段为主的过渡。而《土地出让金收支管理办法》正体现出国家通过“反哺”农村、居住保障等推动城市协调性发展的目的。
“可以预见的是，地方政府‘卖地生财’的模式行将走向末路。”肖金成指出。
财政部相关负责人称，“土地出让金不论是作为‘国有土地有偿使用专账’的方式，还是‘国有土地收益基金’，都可以看做是各省市的收入，只是监管方式改成了自上而下，实行收支两条线，对于抑制地方政府的盲目投资、保护失地农民等弱势群体能起到积极作用。”
同时这位负责人提醒说，新的规则可能要求地方政府不得将土地收益作为当期收入安排使用，这对于基础设施落后、以及当前急需资金完善公共事业的省市，仍是远水难解近渴。
“两税一费”引发争议
目前《土地出让金收支管理办法》虽然还未正式公布，但“两税一费”的上调消息已引来业界不少争议。业内人士提出质疑，地价成本无疑提高了，增加的成本可能会转嫁到房价中。
也有专家表示，新的体系将使开发商的捂房囤地的成本增加，促使开发商尽快销售，从而增加有效的供给，尤其是对以前协议划拨的土地，只有增加适当的保有成本，闲置土地才能尽快流转。土地资源得到有效利用，才能从根本上稳定房价。
而在中国城市经济学会副会长、土地专家刘维新看来，现在国家的建设用地使用成本明显偏低。中央调整土地出让金分配制度的本意，是控制各地建设用地增长过快的势头，这也是“两税一费”上调的缘由。
据说在方案酝酿过程中，曾有专家向国务院提出，如上调“两税一费”可能造成地价进一步上涨，建设用地增量若受到限制，土地市场供需关系也会失衡，同样将拉高地价。最后国务院在《办法》中添上这样一笔：“两税一费”发生在土地交易之后，而非交易环节，不会直接造成地价上涨。至于供需关系，通过清理盘活城镇存量建设用地完全可以平衡。
对此，土地出让金问题研究专家、国务院发展研究中心刘守英研究员则指出，土地的出让金实际上是若干年土地使用期的地租之和，政府获得的土地出让金有很大比率是预支未来的收益。所以，刘进一步表示，“国有土地收益基金”的设立，将会使本届地方政府的可用财力减少，对于遏制地方政府圈地具有很大的作用。
1994年实行分税制后，土地出让金作为地方财政的固定收入全部划归地方所有。
2004年，全国共出让土地17.87万公顷，全国土地出让金的价款高达5894.14亿元。2004年初，中央决定，地方政府至少要拿出15%的“土地出让金纯收益”用于农业土地开发，这是“土地出让金回流农村”的第一步，但由于土地出让金的管理和使用混乱，中央始终无法确定各地的土地出让金纯收益。
2005年，我国共出让土地面积16.32万公顷，出让价款达到5505.15亿元。
2006年第一季度，全国土地出让金的总额达到3000亿元左右。自6月中下旬开始，关于“国土资源部、财政部和建设部三部委联手商讨土地出让金改革方案”的消息传出。
2006年10月中旬，国土资源部证实，12月份《土地出让金收支管理办法》将正式出台。
